Гликоинформатика: революция в исследовании углеводов
Недавно в журнале «Коммерсантъ Наука» вышел материал «Что такое гликоинформатика?» В статье рассказывается о значительных достижениях коллектива ученых Института органической химии им. Н. Д. Зелинского РАН в создании и развитии информационной системы для исследований в области гликомики.
Группа гликоинформатики Лаборатории углеводов и биоцидов им. академика Н.К. Кочеткова ИОХ РАН разработала уникальную базу данных, которая помогает ученым по всему миру изучать химию и биологические функции углеводов, — бесплатный интернет-портал Carbohydrate Structure Database (CSDB).
Углеводы — один из самых химически разнообразных классов биомолекул, чья биологическая роль начала осознаваться позже, чем роль белков и нуклеиновых кислот. Однако в 21-м веке с развитием компьютерных технологий начался взрывной рост интереса к науке об углеводах, известной как гликомика. Эта дисциплина оказалась ключевой для объяснения межклеточных взаимодействий, формирования иммунитета, разработки углеводных и конъюгатных вакцин, а также для понимания роли гликома как одной из основ жизни.
Однако на протяжении многих лет гликомика испытывала острую нехватку компьютерных инструментов для исследований. Именно эту проблему решили ученые ИОХ РАН, начав в 2004 году разрабатывать и совершенствовать информационный продукт для изучения природных углеводов.
Проект, который стартовал как база данных углеводных структур, со временем превратился в одну из ведущих мировых платформ хемо- и биоинформатики. Платформа CSDB стала незаменимым ресурсом для ученых-гликохимиков и гликобиологов, позволяя исследовать химическую и пространственную структуру углеводов, анализировать их биологические функции, а также аккумулировать огромные массивы данных о структуре, биохимии, медицине и других областях, связанных с углеводами.
Проект CSDB особенно полезен для изучения углеводов прокариот и микробов, предоставляя данные и сервисы, которые не доступны в других мировых проектах. Все разработки отражены на бесплатном интернет-портале, который базируется в ИОХ РАН, что делает его доступным для широкого круга исследователей по всему миру.
Одним из интересных аспектов материала «Коммерсантъ Наука» стало мини-интервью с Филиппом Тоукачем, д.х.н., ведущим научным сотрудником Лаборатории углеводов и биоцидов им. академика Н.К. Кочеткова. В интервью Филипп рассказал о важности гликоинформатики и ее значении для современных исследований.
Подробнее читайте в «Коммерсантъ Наука».