г. Москва, Ленинский проспект, 47
Телефон: +7 499 137-29-44
Факс: +7 499 135-53-28
9 ноября 2020 г.

Исследователями ИОХ РАН выработана оптимальная стратегия предсказания трехмерной структуры сахаридов

Знание трехмерной структуры сахаридов важно для прогнозирования их биологической активности, понимания работы имунной системы на молекулярном уровне и выяснения механизмов взаимодействия клеток. В то же время пространственную структуру углеводов и гликоконъюгатов в растворе проблематично получить из прямого эксперимента. В этом аспекте востребована симуляция структуры и ее уточнение на основании доступных экспериментов. Важнейшая составная часть программ симуляции углеводов - база данных устойчивых конформаций гликозидных мостиков, из этой информации о фрагментах программы собирают полную структуру. Такая база существует в рамках платформы Carbohydrate Structure Database, разработанной и поддерживаемой в лаборатории №21 ИОХ.

Для ее заполнения данными исследователи ИОХ выработали оптимальный по точности, скорости, и легкости реализации метод, сравнив DFT и молекулярную динамику модельных сахаридов в шести силовых полях, с разными моделями растворителя, температурой и прочими условиями. Критерием качества симуляции было отклонение экспериментального NOE от предсказанных значений.

 

Источник:

V.S. Stroylov, M.P. Panova, Ph.V. Toukach Comparison of methods for bulk automated simulation of glycosidic bond conformations  Int. J. Mol. Sci., 2020, 21, 7626.DOI: 10.3390/ijms21207626

Важные события:

Химия – это не только наука, но и искусство, и ремесло. Почему так важна преемственность, что делают школьники в академическом институте, какая связь между бальзамом Шостаковского и Институтом органической химии, что такое короткоживущие интермедиаты и почему без химии невозможна жизнь, – наш разговор с академиком РАН Михаилом Петровичем Егоровым, директором ИОХ РАН им. Н.Д. Зелинского, академиком-секретарем отделения химии и наук о материалах.

 

Среди тысяч проектов, поддержанных РНФ, разработка фунгицидов для использования в сельском хозяйстве и медицине, проводимая в ИОХ РАН, стала одной из 9 самых ярких.
ИОХ РАН поздравляет Валентина Павловича Ананикова с заслуженным признанием его научных достижений и желает новых свершений.
Все события »