В ИОХ РАН запустили базу данных конформаций сахаридов

Возможность получать данные о трехмерной структуре произвольных сахаридов востребована в гликохимии и гликобиологии. Работа ученых в этих областях часто тормозилась отсутствием пользовательских инструментов, не требующих от исследователя понимания информатических аспектов расчетной химии. Такой инструмент разрабатывается в рамках развития платформы Carbohydrate Structure Database (http://csdb.glycoscience.ru) сотрудниками Лаборатории углеводов и биоцидов им. академика Н.К. Кочеткова ИОХ РАН. Важнейший шаг для автоматической сборки более сложных структур – это обеспечение быстрого доступа к конформационным данных небольших структурных фрагментов. Так, в 2021-м году появился сервис предсказания преимущественных конформаций олигосахаридов. Он использует базу данных 100-наносекундных молекулярно-динамических траекторий, посчитанных заранее в поле MM3 c явной водой. По результатам предшествовавших исследований ядерного эффекта Оверхаузера углеводов этот способ симуляции их молекулярной геометрии дает точность, сравнимую с квантовомеханическими расчетами, при этом на два порядка превосходя последние в производительности. База данных имеет веб-интерфейс и возможности поиска по структуре и предоставляет интерактивные конформационные карты нескольких тысяч дисахаридов. Она также регулярно пополняется данными, обсчитываемыми на вычислительном сервере Лаборатории углеводов и биоцидов им. академика Н.К. Кочеткова в автоматическим режиме.

Источник:

Sofya I. Scherbinina, Martin Frank, Philip V. Toukach Carbohydrate Structure Database (CSDB) oligosaccharide conformation tool – Glycobiology 2022, cwac011. DOI: 10.1093/glycob/cwac011