Проблемы решения молодой области знания — гликоинформатики: в НИИ СБМ состоялся семинар научного сотрудника ИОХ РАН

18 апреля в Научно-исследовательском институте системной биологии и медицины Роспотребнадзора Филипп Владимирович Тоукач, д.х.н., ведущий научный сотрудник, руководитель Группы гликоинформатики Лаборатории углеводов и биоцидов им. академика Н.К. Кочеткова ИОХ РАН, провел семинар «Информатика в науке об углеводах».

О применении информационных технологий в гликобиологии для исследования структуры и функций природных гликомакромолекул, о развитии новой области знания — гликоинформатике, о базах данных — об этом и о многом другом рассказал ученый.

Прежде чем коснуться подробно темы семинара, Филипп Владимирович начал с рассказа об углеводах — одном из важных и наиболее разнообразном классе биомакромолекул. Они определяют процессы межклеточного узнавания, формирования иммунитета и управляют множеством других сигналов в живых организмах. Далее ученый рассказал об использовании информационных технологий в гликомике, которое долгое время находилось в зачаточном состоянии, и лишь в последние десять лет произошло взрывное развитие новой области знания — гликоинформатики.

Однако проекты гликобиологии плохо совместимы друг с другом и имеют недостатки, обусловленные сложностью и вариативностью природных углеводов. При этом накоплен огромный объем данных, и для того, чтобы в нем ориентироваться химикам и биологам необходимы современные инструменты информатики — базы данных, прогностические программы, стандарты и форматы данных, способы кодирования, ввода и визуализации информации, правила анализа и создания публикаций.

Ученый рассказал и о группе гликоинформатики ИОХ РАН и проводимой там систематической работе по информатизации гликомики.

Что уже сделано группой?

• Сформированы критерии качества программ и сервисов в этой области.
• Созданы стандарты и онтологии компьютерного представления углеводных данных.
• Разработаны тематические базы данных и расчетные модули.
• В рамках проекта Carbohydrate Structure Dadatbase (CSDB) разработан продукт, аккумулировавший новейшие технологии гликоинформатики, собственные усилия по анализу накопленных данных и достижения конкурентов.