Лаборатория углеводов и биоцидов им. академика Н.К. Кочеткова (№ 21)

Группа изучения бактериальных полисахаридов
- изучение строения, биосинтеза и возможностей использования полисахаридов клеточной стенки и капсулы важных в медицинском отношении бактерий (Escherichia, Shigella, Yersinia, Enterobacter, Acinetobacter) и фитопатогенных микроорганизмов (Pseudomonas, Pantoea, Pectobacterium).
- изучение механизмов расщепления бактериальных полисахаридов деполимеразами бактериофагов – потенциальными антибактериальными агентами.
- cинтез конъюгатов на основе олигосахаридных фрагментов бактериальных полисахаридов как потенциальных вакцин.
- разработка новых методов структурного анализа сложных природных углеводов.
Группа гликоинформатики
Группа работает в новой области знания – гликоинформатике, ее усилия направлены на обеспечение науки об углеводах всей мощью современных компьютерных технологий, предоставление ученым легкого доступа к знаниям, создание сервисов по обобщению знаний, моделированию объектов гликомики и предсказанию их свойств, разработку необходимых для этого информационных технологий. В числе актуальных направлений работы группы:
- Платформа гликоинформатики Carbohydrate Structure Database, как основа для веб-сервисов и полная регулярно пополняемая курируемая база данных природных углеводов прокариотического, грибного и растительного происхождения;
- Курируемая база гликозилтрансфераз трех наиболее изученных видов бактерий, растений и грибов;
- Концепция, модель химических сдвигов, новый подход к предсказанию спектров и сервис 1D и 2D ЯМР-симуляции углеводов и их производных с беспрецедентной средней точностью 0.6 (13C) и 0.07 (1H) м.д. (GODDESS);
- Модель и веб-сервис по предсказанию первичной структуры углеводов по неотнесенным спектрам ЯМР и другим легко получаемым экспериментальным данным (GRASS);
- База данных конформационных карт олигосахаридов, заполняемая на основании мол. динамики, и сервис конформационных расчетов углеводов;
- Сервис по кластеризации организмов и таксонов на основании схожести их гликомов (альтернативные углеводные деревья жизни);
- Разработка форматов хранения, обмена и презентации данных в программах, базах и статьях, в том числе углеводной нотации CSDB Linear и схемы визуализации Symbol Nomenclature for Glycans;
- Многочисленные редакторы, конвертеры, статистические анализаторы и прочие сопутствующие сервисы, включая сложные виды поиска данных по множеству критериев и визуальный онлайн-редактор углеводов с функцией 3D-моделирования структуры и экспортом во всевозможные форматы.
Больше информации о работе группы и создаваемых продуктах и сервисах можно найти по ссылкам:
портал Carbohydrate Structure Database: http://csdb.glycoscience.ru
сообщество “Гликоинформатика” в Контакте: http://vk.com/glyco
публикации группы по теме гликоинформатики: http://csdb.glycoscience.ru/help/credits.html#refs
лекция «Информатизация гликохимии и гликобиологии»: http://toukach.ru/rus/glycoinf.htm
Контакты руководителя группы: д.х.н., доцент, в.н.с. Ф.В. Тоукач +7 916 1724710 (звонки и whatsapp), http://toukach.ru/rus
Группа изучения биоцидов
- синтез новых типов биоцидов, в частности четвертичных аммониевых соединений (ЧАС), обладающих антибактериальным, противогрибковым и антивирусным действием;
- изучение зависимостей структура – биологическая активность, направленный синтез таргетных молекул;
- создание новых антисептических составов на основе соединений-лидеров.