Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Институт органической химии имени Н. Д. Зелинского РАН
РУС ENG
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации
Российская Академия Наук
Главная Институт Подразделения института Лаборатория углеводов и биоцидов им. академика Н.К. Кочеткова (№ 21)
Институт
Жизнь и выдающиеся моменты научной деятельности Н. Д. Зелинского
История института
Администрация института
Подразделения института
Контрактная служба
Ученый совет ИОХ РАН
Диссертационные советы
Совет молодых ученых ИОХ РАН
Центр коллективного пользования Института органической химии РАН (ЦКП ИОХ РАН)
Библиотека
Инфоресурсы
Профком
Документы
Контакты

Лаборатория углеводов и биоцидов им. академика Н.К. Кочеткова (№ 21)

д.х.н. Верещагин Анатолий Николаевич
Заведующий: д.х.н. Верещагин Анатолий Николаевич
ORCID: 0000-0001-8675-4943 Researcher ID: M-4057-2016 h-index = 23
Основные направления исследований

Группа изучения бактериальных полисахаридов

  • изучение строения, биосинтеза и возможностей использования полисахаридов клеточной стенки и капсулы важных в медицинском отношении бактерий (Escherichia, Shigella, Yersinia, Enterobacter, Acinetobacter) и фитопатогенных микроорганизмов (Pseudomonas, Pantoea, Pectobacterium). 
  • изучение механизмов расщепления бактериальных полисахаридов деполимеразами бактериофагов – потенциальными антибактериальными агентами.
  • cинтез конъюгатов на основе олигосахаридных фрагментов бактериальных полисахаридов как потенциальных вакцин.
  • разработка новых методов структурного анализа сложных природных углеводов.

 

Группа гликоинформатики

 

Усилия группы направлены на обеспечение науки об углеводах всей мощью современных компьютерных технологий, предоставление ученым легкого доступа к знаниям, созданию сервисов по обобщению знаний, моделированию объектов гликомики и предсказанию их свойств, разработке необходимых для этого информационных технологий. Актуальные направления работ группы:

 

  • платформа гликоинформатики Carbohydrate Structure Database [http://csdb.glycoscience.ru], как основа для веб-сервисов и полная регулярно пополняемая курируемая база данных природных углеводов прокариотического, грибного и растительного происхождения;
  • курируемая база гликозилтрансфераз [http://csdb.glycoscience.ru/gt.html] трех наиболее изученных видов бактерий, растений и грибов;
  • концепция, модель химических сдвигов, новый подход к предсказанию спектров и сервис 1D и 2D ЯМР-симуляции углеводов и их производных с беспрецедентной средней точностью 0.6 (13C) и 0.07 (1H) м.д. (GODDESS [http://csdb.glycoscience.ru/goddess.html]);
  • модель и веб-сервис по предсказанию первичной структуры углеводов по неотнесенным спектрам ЯМР и другим легко получаемым экспериментальным данным (GRASS [http://csdb.glycoscience.ru/grass.html]).

 

Группа изучения биоцидов

 

  • синтез новых типов биоцидов, в частности четвертичных аммониевых соединений (ЧАС), обладающих антибактериальным, противогрибковым и антивирусным действием;

  • изучение зависимостей структура – биологическая активность, направленный синтез таргетных молекул;

  • создание новых антисептических составов на основе соединений-лидеров.

 

Избранные публикации последних лет
Frolov, N.; Detusheva, E.; Fursova, N.; Ostashevskaya, I.; Vereshchagin, A. Microbiological Evaluation of Novel Bis-Quaternary Ammonium Compounds: Clinical Strains, Biofilms, and Resistance Study. Pharmaceuticals 2022, 15, 514. DOI: 10.3390/ph15050514.
Vereshchagin, A.N.; Frolov, N.A.; Egorova, K.S.; Seitkalieva, M.M.; Ananikov, V.P. Quaternary Ammonium Compounds (QACs) and Ionic Liquids (ILs) as Biocides: From Simple Antiseptics to Tunable Antimicrobials. International Journal of Molecular Sciences 2021, 22, 6793. DOI: 10.3390/ijms22136793.
Popova A.V., Shneider M.M., Arbatsky N.P., Kasimova A.A., Senchenkova S.N., Shashkov A.S., Dmitrenok A.S., Chizhov A.O., Mikhailova Y.V., Shagin D.A., Sokolova O.S., Timoshina O.Y., Kozlov R.S., Miroshnikov K.A., Knirel Y.A. “Specific interaction of novel Friunavirus phages encoding tailspike depolymerases with corresponding Acinetobacter baumannii capsular types”. J. Virol., 2021, 95, e01714-20. DOI: 10.1128/JVI.01714-20.
Knirel Y.A., Van Calsteren M.-R. “Bacterial Exopolysaccharides”, Comprehensive Glycoscience (2nd edition), Ed. J.J. Barchi, Elsevier, 2021, 21-95. DOI: 10.1016/B978-0-12-819475-1.00005-5.
Zdorovenko E.L., Dmitrenok A.S., Masi M., Castaldi S., Muzio F.M., Isticato R., Valverde C., Knirel Y.A., Evidente A. “Structural studies on the O-specific polysaccharide of the lipopolysaccharide from Pseudomonas donghuensis strain SVBP6, with antifungal activity against the phytopathogenic fungus Macrophomina phaseolina”, Int. J. Biol. Macromol., 2021, 182, 2019-2023. DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2021.05.187.
Toukach P., Kapaev R., Egorova K. “From structure to spectrum and vice versa: NMR services of Carbohydrate Structure Database”, Glycoinformatics, 2nd ed. Ed. Lütteke T. Springer, 2021.
Vereshchagin A.N., Frolov N.A., Egorova K.S., Seitkalieva M.M., Ananikov V.P., “Quaternary Ammonium Compounds (QACs) and Ionic Liquids (ILs) as Biocides: From Simple Antiseptics to Tunable Antimicrobials”, Int. J. Mol. Sci., 2021, 22, 6793. DOI: 10.3390/ijms22136793.
Frolov N.A., Fedoseeva K.A., Hansford K.A., Vereshchagin A.N., “Novel phenyl based bis-quaternary ammonium compounds as broad-spectrum biocides”, ChemMedChem., 2021, accepted manuscript. DOI: 10.1002/cmdc.202100284.
Shneider M.M., Lukianova A.A., Evseev P.V., Shpirt A.M., Kabilov M.R., Tokmakova A.D., Miroshnikov K.K., Obraztsova E.A., Baturina O.A., Shashkov A.S., Ignatov A.N., Knirel Y.A., Miroshnikov K.A. Autographivirinae Bacteriophage Arno 160 infects Pectobacterium carotovorum via depolymerization of the bacterial O-polysaccharide. Int. J. Mol. Sci., 2020, 21, 3170. DOI: 10.3390/ijms21093170.
Scherbinina S.I., Toukach Ph.V. “Three-dimensional structures of carbohydrates and where to find them”, Int. J. Mol. Sci., 2020, 21, 7702. DOI: 10.3390/ijms21207702
Науменко О.И., Сенченкова С.Н., Книрель Ю.А. “О-Специфические полисахариды нового вида энтеробактерий Escherichia albertii, близкородственных E. coli”, Биоорган. химия, 2019, 45, 576-587 (Russ. J. Bioorg. Chem., 2019, 45, 451-462). DOI: 10.1134/S1068162019060293.
Ledov V.A., Golovina M.E., Markina A.A., Knirel Y.A., L'vov V.L., Kovalchuk A.L., Aparin P.G. “Highly homogeneous tri-acylated S-LPS acts a novel clinically applicable vaccine against Shigella flexneri 2a infection”. Vaccine, 2019, 37, 1062-1072. DOI: 10.1016/j.vaccine.2018.12.067.
Knirel Y.A., Naumenko O.I., Senchenkova S.N., Perepelov A.V. “Химические методы избирательного расщепления гликозидных связей в структурном анализе бактериальных полисахаридов”, Успехи химии, 2019, 88, 406-424 (Russ. Chem. Rev., 2019, 88, 406-424). DOI: 10.1070/RCR4856.
Vereshchagin A.N., Gordeeva A.M., Frolov N.A., Proshin P.I., Hansford K.A., Egorov M.P., “Synthesis and Microbiological Properties of Novel Bis-Quaternary Ammonium Compounds Based on Biphenyl Spacer”, Eur. J. Org. Chem., 2019, 4123-4127. DOI: 10.1002/ejoc.201900319.
Naumenko, O.I.; Zheng, H.; Shashkov, A.S.; Sun, Y.; Senchenkova, S.y.N.; Bai, L.; Wang, J.; Wang, H.; Li, Q.; Knirel, Y.A., et al. Escherichia albertii EA046 (O9) harbors two polysaccharide gene clusters for synthesis of the O-antigen by the Wzx/Wzy-dependent pathway and a mannan shared by Escherichia coli O8 by the Wzm/Wzt-dependent pathway. International Journal of Biological Macromolecules 2020, 142, 609-614, DOI: 10.1016/j.ijbiomac.2019.09.135
Chernyshov I.Yu., Toukach Ph.V. “REStLESS: automated translation of glycan sequences from residue-based notation to SMILES and atomic coordinates”, Bioinformatics, 2018, 34, 2679-2681. DOI: 10.1093/bioinformatics/bty168.
Egorova K.S., Toukach Ph.V. “Glycoinformatics: bridging isolated islands in the sea of data”, Angew. Chem. Int. Ed., 2018, 57, 14986-14990. DOI: 10.1002/anie.201803576.
Hou X., Perepelov A.V., Guo X., Senchenkova S.N., Shashkov A.S., Liu B., Knirel Y.A., Wang L. “A gene cluster at an unusual chromosomal location responsible for the novel O-antigen synthesis in Escherichia coli O62 by the ABC-transporter-dependent pathway”. Glycobiology, 2017, 27, 669-676. DOI: 10.1093/glycob/cwx030.
Новости института
Все события »
Исследователями ИОХ РАН предложен реагент для фотокаталитической активации связи углерод-галоген Исследователями ИОХ РАН предложен реагент для фотокаталитической активации связи углерод-галоген
Разрыв связи углерод-галоген довольно широко используется для генерации органических углерод-центрированных радикалов. В ряду алкилгалогенидов наиболее…
Исследователями ИОХ РАН опубликован обзор о применении четвертичных аммониевых соединений в борьбе с устойчивыми бактериальными колониями. Исследователями ИОХ РАН опубликован обзор о применении четвертичных аммониевых соединений в борьбе с устойчивыми бактериальными колониями.
Подавляющее большинство патогенных микроорганизмов находятся в окружающей среде в виде связанных с поверхностями микробных сообществ, называемых биопленками.…
В ИОХ РАН состоялась защита докторской диссертации В ИОХ РАН состоялась защита докторской диссертации
15 марта 2023 г. в ИОХ РАН состоялась успешная защита докторской диссертации. Вадим Борисович Крылов представил диссертацию на соискание ученой…
Ученые ИОХ РАН исследовали реакцию дифенилдисульфида с гермиленом Лапперта Ученые ИОХ РАН исследовали реакцию дифенилдисульфида с гермиленом Лапперта
Использование катализа переходными металлами спровоцировало бурное развитие органической химии во второй половине ХХ века и по сей день продолжает играть…
В Институте состоялся праздничный концерт, посвященный Международному женскому дню В Институте состоялся праздничный концерт, посвященный Международному женскому дню
9 марта в нашем Институте состоялся праздничный концерт «Весеннее очарование», посвященный Международному женскому дню. Известный российский оперный певец,…
В ИОХ РАН продолжаются исследования фотохимии диарилэтенов В ИОХ РАН продолжаются исследования фотохимии диарилэтенов
В последние десятилетия активно развивается фотохимия диарилэтенов и их производных. Одним из направлений развития этой области является разработка высокоэффективных…
Все события »

Лаборатория углеводов и биоцидов им. академика Н.К. Кочеткова (№ 21) ORCID: 0000-0001-8675-4943 Researcher ID: M-4057-2016 h-index = 23 ST LUCE https://zioc.ru/ 5 100 .00 RUB http://schema.org/InStock
Обратная связь